Курс «Информационные технологии в преподавании химии»

Лицензия на право ведения образовательной деятельности, регистрационный номер № Л035-01277-66/00195362 от 11 ноября 2015 г.

График обучения курса «Информационные технологии в преподавании химии»

Программа обучения по курсу «Информационные технологии в преподавании химии»

Занятие № 1

Знакомство с редактором BIOVIA. Главное меню программы. Панель для создания химических формул. Панель атомов. Работа с химическими атомами. Редактирование внешнего вида атомов. Окно форматирования (Formatting Toolbar). Работа с таблицей периодической системы химических элементов. Открытие файлов, сохранение и экспорт файлов. Обзор форматов файлов, поддерживаемых BIOVIA.

Занятие № 2

Работа неорганическими молекулами BIOVIA. Создание молекул неорганического вещества. Добавление атомов в молекулу вещества. Добавление связей между молекулами. Отображение несвязанных электронов в атомах. Автоматическое присваивание наименований IUPAC.

Занятие № 3

Знакомство с редактором ChemSketch. Рабочая область программы. Меню ChemSketch. Панели атомов, структур, шаблонов. Создание простых органических молекул. Сохранение созданных молекул в различных форматах.

Занятие № 4

Сложные химические соединения с ChemSketch. Использование окна шаблонов (Template Window). Настройка окна шаблонов. Использование окна радикалов (Radicals Window). Работа с химическими реакциями. Расчеты химических реакций. Калькулятор расчетов химических реакций.

Занятие № 5

Работа с химическими реакциями с использованием ChemSketch. Создание химических реакций. Определение свойств химических реакций. Поиск данных о химических реакциях в сети Интернет. База химических соединений PubChem. Поиск по базе PubChem. Поиск свойств химических соединений. Инструменты работы с PubChem.

Занятие № 6

Нотации и файлы в современной химии и хемоинформатике. Нотация SMILES. Преобразование формул в нотацию и обратно. Создание нотаций из химических формул. Файлы химических соединений, их преобразования, работа с программой Avogadro и JMol.

Занятие № 7

Работа с 3D молекулами в редакторах ChemSketch, ChemDraw, JMol, Avogadro. Создание и оптимизация 3D молекул. Настройка графического интерфейса для отображения 3D молекул химических веществ.

Занятие № 8

Знакомство с инструментом Bioseqvence Tool редактора ChemSketch. Настройка панели инструментов Biosequence Tool. Переключение одно и трехбуквенной записи аминокислот. Моделирование простейшего пептида. Преобразование молекулы пептида в 3DViewer. Моделирование более сложного пептида. Работа с бисульфидными мостиками.

Занятие № 9

Работа с базой данных белковых молекул — PDB. Встроенные инструменты базы данных белковых молекул PDB. Поиск в базе и четырехзначные коды белков. Работа с программой просмотра и редактирования белков Chimera. Загрузка и конверсия cif файла. Изменение внешнего вида 3D модели белка.

Занятие № 10

Знакомство с языком Python и его возможностями в химических расчетах и хемоинформатике. Использование специализированных пакетов при изучении химии и решении химических задач. Использование химического пакета chempy для расчетов различных химических реакций (волюметрические, гравиметрические расчеты).

Занятие № 11

Использование пакета epam.indigo языка Python для моделирования различных химических соединений. Работа с атомами, атомными связями. Построение молекул программным способом с использованием языка Python и пакета epam.indigo. Загрузка и сохранение химических нотации SMILES для молекул и химических реакций. Экспорт химических молекул в формат SVG.

Занятие № 12

Язык Python для статистического анализа химических экспериментов. Вычисление среднего, среднеквадратичного отклонения, стандартной ошибки. Графически возможности языка Python при работе со статистическими данными.